Този термин има различни понятия, като всеки ще зависи от научната специалност, където се прилага. Например в биологията епигенезата е стара теория за механизма, по който се развиват човешките същества, т.е. ембрионът еволюира, започвайки от зиготата, която все още не е разграничена, което показва липсата на миниатюрни елементи, органи които вече присъстват в гаметите.
Тази теория противоречи на теорията за преформацията, която гласи, че еволюцията на ембрион представлява растеж на организъм, който вече е бил формиран. Въпреки това , според epigenesis, органите, които правят на ембриона се формират от нищото, чрез стимули, получени от околната среда.
Тази теория тълкува окончателния механизъм за настройка, чрез който всяко същество е свързано по ефективен начин със своята среда, като се започне от капацитета, включен в неговото генетично кодиране. Тъй като гените обикновено са част от малко сложна мрежа от взаимодействия, които поддържат обратна връзка. И следователно те не продължават самостоятелно.
През цялата история винаги е имало дебат, който сблъсква епигенетичната теория с преформацията. Преформационизмът обаче приключва, същия момент, в който технологията успява да покаже епигенетичния произход на органите. Трябва да се добави, че този дебат беше един от най-историческите, виждани някога, той се проведе през деветнадесети век.
Сега, в областта на минералогията, терминът епигенеза се използва за означаване на модификацията на химичната природа на минерала, без да е необходимо да се променя структурата му.
