Катакомбите са възникнали във връзка с Римските катакомби - име, първоначално дадено на древно гробище, разположено недалеч от Апиевия път. Гробището на невинните (близо до Saint-Eustache, в района на Les Halles) се използва почти десет века и се е превърнало в източник на зараза за местните жители. След многобройни жалби Държавният съвет решава на 9 ноември 1785 г. да забрани последващото използване на гробището на невинните и да премахне съдържанието му.
Излезлите от употреба кариери са избрани да получат останките; от града на Париж току-що е завършил обща проверка на кариерите за укрепване на публичните пътни подкопани от тях. Строителните работи са извършени в кариера „Tombe-Issoire“, като са използвани големи количества камък, укрепване на галериите и завършване чрез изкопаване на стълбище, оградено от шахта, в която костите могат да бъдат хвърлени.
Пренасянето на останките може да започне след благословията и освещаването на мястото на 7 април 1786 г. и да продължи до 1788 г., винаги по здрач и след церемония, в която процесия от свещеници в преспиване пееше службата на мъртвите. по маршрута от колесниците, натоварени с кости, които бяха покрити с черен воал. След това, до 1814 г., мястото получава останките от всички гробища в Париж.
Имаше и други причини, които доведоха до избора на подземни разкопки. При християните чувството за общност се живееше с голяма сила: те също искаха да бъдат заедно в „ мечтата за смъртта “.
Според римския закон погребението на починалия в градските стени е забранено, всички катакомби са разположени по протежение на големите консулски пътища и като цяло в предградията на времето.
Парижките катакомби се отвориха отново на 14 юни 2005 г. след няколкомесечно затваряне за строителство. Осветлението е коригирано, сводовете са подсилени и костните стени са преместени.
