Думата молекула е умалително от латинската дума "бенки", което означава маса, така че молекулата означава "малка маса". Една молекула е съюз или набор от две или повече атоми, които могат да бъдат еднакви или различни, ако тези атоми са разделени това ще промени свойствата на материята.
Една молекула е стабилна и електрически неутрален система, която се състои от набор от две или повече атоми, свързани чрез химични връзки, които се наричат ковалентни връзки. Тези атоми могат да бъдат същите като при водорода (Н2) и кислорода (О2), които са диатонични молекули, или могат да се образуват от различни атоми, какъвто е случаят с водата (Н2О), която е съставена от два водородни атома. и един от кислород и газ метан (CH4), в чиято молекула има четири водородни атома, свързани с един от въглерода.
В молекулата се счита за най-малката част, която може да бъде получена от значение, така че да може да запази своите химични свойства. Основната причина молекулите да се образуват е, че има атоми, които са склонни да достигнат минимално енергийно състояние и за постигане на това го прави чрез ковалентни връзки с други атоми, които представят същото състояние, тази връзка не може лесно да се разтвори и тогава се ражда молекула.
В едно вещество молекулите, които ги съставят, не са статични, а напротив, те са в постоянно движение, което се нарича молекулярна вибрация, а това от своя страна може да бъде огъване или напрежение.
