Те представляват обединението на две или повече аминокиселини чрез връзка между оригинала и пептидите. В продуктите и протеините тези връзки са свързани с пептидни връзки и резултат от реакцията на карбоксилната група с аминогрупата на друга, с елиминирането на водна молекула.
В пептидна връзка (-CO-NH-) обикновено е представен като единична връзка. Без обаче има редица характеристики, които се приближават като двойна връзка. Тъй като азотът е по-малко електроотрицателен от кислорода, CO връзката има 60% характер на двойна връзка, докато CN връзката е 40%. Следователно, CO и NC връзките на пептидната връзка имат междинни характеристики между единичната връзка и двойната връзка. Всъщност междуатомните разстояния, измерени в CO и CN връзките, са посредници между единичните връзки и двойната връзка. Това атомно устройство е стабилизирано чрез резонанс, така че шестте атома, участващи в образуването на пептидната връзка, се съдържат в една и съща равнина.
Друго важно последствие от резонанса е, че той увеличава полярността на пептидната връзка и установява диполен момент (дясната фигура в горната таблица). Поради тази причина всяка пептидна връзка може да участва в две водородни връзки. В едната от тях групата -NH- действа като донор на водород, а в другата групата -CO- действа като водороден рецептор. Това свойство допринася значително за триизмерното сгъване на протеини, както ще видим по-късно.
В частичен естеството на двойната връзка не позволява свободното въртене на връзката, която се присъединява към атоми и N в пептидната връзка. Тази твърдост на двойната връзка ограничава конформационните възможности на пептидите. Има две възможни конфигурации:
- Cis конфигурация: двете Ca са от една и съща страна на двойната връзка.
- Транс конфигурация: двете Ca са от различна страна на двойната връзка.
Трябва да се отбележи, че като цяло пептидната връзка е представена като единична връзка. Във всеки случай той има няколко характеристики, които го правят близо до двойна връзка. Ето защо специалистите обикновено споменават, че пептидната връзка има свойства, които я поставят по средата между единична връзка и двойна връзка.
