Цитоплазмата е елементът, който отличава, par excellence, прокариотна клетка от прокариотна клетка. Това е елемент от протоплазмата, разположен между ядрото и плазмената мембрана, чиято основна функция е да приюти клетъчните органели (основно всяка структура в клетката), в този случай цитоплазматична, и да ги поддържа да функционират. Разделя се на ектоплазмата (намира се в периферната зона на клетката и е в контакт с плазмената мембрана) и ендоплазмата (тя е близо до ядрото и е с по-висока плътност от ектоплазмата).
В еукариотните клетки цитоплазмата има гладкия ендоплазмен ретикулум, който се характеризира с липса на рибозоми, намеса в синтеза на липиди и стимулиране на детоксикацията, в допълнение към грубия ендоплазмен ретикулум (отговорен за синтеза и транспорта на протеини). Трябва да се отбележи, че чрез цитоплазмата някои хранителни вещества могат да преминат през клетката.
Цитоплазмата се състои от цитоскелет, наречен по този начин влакнеста структура, която придава форма и определен ред на елементите в клетката и цитозол, тя е течност и заема между 50% и 80% от клетката. Към това се добавят органелите, които могат да бъдат: рибозоми, където се синтезират рибозоми, лизозоми, чиято основна мисия е да рециклира остатъците от другите органели, вакуоли, запас от протеини, апарат на Голджи, сред функциите си той се откроява Първични лизозоми, митохондрии, той съдържа протеини и фосфолипиди, пероксизоми, основната му функция е да извършва процес на окисление, който не е задължително да е от полза за клетката на енергийно ниво.
