В научната област метиленовото синьо е известно като метилтионинов хлорид, това е багрило, използвано като багрило за пигментиране на някои части от тялото на човек, преди или по време на операция. Лекарите основно го използват като антисептик и вътрешен каузер.
Използва се също като боя в петна за наблюдения, направени чрез микроскоп, и за боядисване на резултатите в лаборатории, тъй като има способността да оцветява урината и изпражненията. И накрая, той се използва и при лечението за намаляване на метхемоглобина. Сред нейните характеристики е, че тя е елемент, съставен от кристали, на светло тъмно зелен цвят, тя няма мирис и не се променя от въздуха.
Може лесно да се разтвори във вода и благоразумно в алкохол и при контакт с тях цветът му се превръща в наситено тъмно синьо, използва се и за борба с гъбичките по ноктите, може да се използва и за боядисване на бели дрехи, когато е започва да пожълтява.
В аквакултурата се използва широко за лечение на инфекции в тропическите риби, много е ефективен в борбата с протозойния паразит, който причинява инфекции при рибите. По принцип се използва за грижа за наскоро снесените от рибите яйца, за да не бъдат заразени от бактерии или гъби, много е полезно, ако искате изкуствено да инкубирате яйцата. Хората могат да си купят метиленово синьо без рецепта, обикновено се използва като локален антисептик.
