На анаеробни организми са напълно противоположна на организми аеробни, те не използват двуатомен кислород за растеж, метаболизъм и диференциация, тези работи с друго съединение, като място на подкласификация ако споменатите микроорганизми работят с химическо съединение, наречено пируват казва му Метаболизмът е ферментативен (те използват ферментация), от друга страна, това е друго вещество, различно от пируват, ако казва, че това е организъм, който практикува анаеробно дишане.
Ферментацията се състои от получаване на химическа енергия от катаболитен процес и незавършена или непълно окисление на органично съединение, съгласно окончателно продукт може да се класифицира в алкохолна ферментация, тъй като генерира етанол, млечна ферментация произвежда млечна киселина, маслена ферментация, наред с други; от своя страна анаеробното дишане се състои от транспортна верига за електрони, обикновено подобна на тази на аеробното дишане, но вместо крайният акцептор е кислородът, в този случай това би било всяко съединение с неорганично естество.
Точно както съществуват аеробни бактерии, съществуват и анаеробни бактерии, които могат да живеят без кислород, някои от тях се намират в човешкото тяло на места, където липсва кислород, например в дебелото черво, където функционират като гнилостни бактерии Фекалните вещества, според своята устойчивост на кислород, могат да бъдат класифицирани като: задължителни анаеробни бактерии, те не могат да растат в райони, където има кислород, тъй като той е вреден и може да причини неговото унищожаване, аеротолерантните бактерии никога няма да използват кислород за своите метаболитни процеси но могат да живеят в кислородна среда, факултативни анаеробите могат да използват кислород като краен акцептор на електрони, но ако са в среда, в която няма кислород, те използват ферментационния път.
